曾幾何時，在無數個宇宙中流傳著那第一使者的事情……
M80天蠍星球，這裡的人們一直生活在和平之中……
某一天，從太空中飛來的一顆隕石改變了他們的生活……
無數的異生獸在破壞和毀滅他們的家園……
危機時刻，天空中出現了一道銀色的流星般的光芒……
那光芒之中的巨人把異生獸擊退，這顆行星恢復了以往的平靜……
人們為了之後異生獸的再度來襲，製造了以那銀色巨人為樣式的機器人——扎基……
後來因為扎基有了自我意識而暴走，並改造了異生獸來襲擊M80天蠍星……
就在人們絕望的時候，有人提議要炸毀他們的母星，畢竟是自己闖出來的禍，眾人都同意這樣做……
M80天蠍星被來訪者們炸掉之後，扎基並沒有死去，而是被爆炸所產生的黑洞捲入來到了另一個宇宙……
那道銀色光芒之中的巨人得知扎基沒有死去的消息之後，便追趕扎基也來到了這個宇宙……
宇宙之大，想要找到扎基卻是不易……
諾亞，即是那銀色巨人，他在尋找扎基的過程中，發現了一頭異生獸……
諾亞怕會釀成當年M80那樣的情況，於是把扎基的事情先放下，優先追趕異生獸……
異生獸THE ONE被諾亞追趕而逃到了地球，諾亞也因為筋疲力盡而不得不暫時留在地球……
THE ONE在地球上附身到一名叫做有動貴文的男子身上，而諾亞在一次意外之下化為的紅色光球撞毀了一名飛行員的戰鬥機，於是把自己的生命與那名飛行員一心同體……
那名航空自衛隊飛行員的名字叫做真木瞬一，奇蹟生還的真木因為The One怪物事件的影響被特殊軍事機關BCST視為危險人物並進行強制禁閉監視……
BCST強制監視真木的目的是為了引誘The One的出現。可是，The One的進化能力十分驚人，迎戰的自衛隊無法抵抗他的攻擊……
受到The One的襲擊，真木舜一被打倒的時候隱藏在體內的赤色發光體發生變化。作為第二個未知生命存在的真木舜一，變身成未知生命體The Next，與The One對立……
在新宿與THE ONE戰鬥並將其消滅之後，真木舜一甘願把生命還給他，並向諾亞講述了身為父親無法履行與兒子的約定的遺憾，奈克斯特最終被感動並救回了他的性命，後與之分離化作光沉睡在地球……
但是……
The One被消滅後的碎片進化成了強大的「異生獸」……
近來世界各地不斷有「異生獸」作亂的報告，為了暗中解決這個問題，成立了世界性的防衛組織TLT的下屬特種部隊夜襲隊NR（Night Raider），他們的任務就是秘密消滅「異生獸」……
但是，巨型「異生獸」突然出現在擁有驕人戰績的夜襲隊面前，他們陷入了苦戰……
就在這時，神秘的銀色巨人——奈克瑟斯奧特曼出現並為夜襲隊解了圍……
奈克瑟斯·奧特曼的適能者——一度失蹤的戰地攝影師——姫矢准也出現了……
他在巨大化後，將異生獸拉到這個空間內進行戰鬥。隨後，TLT的切斯特戰機進行合體後也可以進入這個空間，與奈克瑟斯一起作戰……
TLT的新隊員，孤門一輝，他與和倉隊長以及其他的隊員一起處理著繁忙的任務……
可是自從他遇到姬矢准後便對自己的任務以及周圍的環境產生了疑問：組織究竟隱藏著怎樣的秘密？隊員們的過去又是如何的？奈克瑟斯和異生獸的原形到底是什麼？……
孤門和姬矢建立了深厚的友誼，並開始一步步地揭開謎底……
一天孤門去到女友齋田莉子家中，竟發現空無一物，而且荒廢甚久，孤門覺得情況有異。追查下竟發現莉子與家人已在半年前車禍中死去……
原來莉子被某人賜予了重生的力量，但其實只是變成一個傀儡，她會在不自覺的情況下變成黑暗浮士德……
奈克瑟斯與黑暗浮士德展開最後之戰時，異生獸的攻擊幾乎擊中孤門時，莉子突然覺醒過來，為孤門擋了這一擊，黑暗浮士德頓時鮮血狂噴……
當孤門回到真實空間時，莉子已陷入瀕死狀態，無奈孤門只能抱著她、看著她化成光消失於眼前……
浮士德事件其實幕後的黑手正是前TLT的副隊長——溝呂木真也……
數年前溝呂木真也在行動中與黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的誘惑下，溝呂木便出賣靈魂，與黑暗梅菲斯特結合……
與奈克瑟斯的多次惡鬥下，兩人仍分不出勝負……
這時黑暗梅菲斯特竟喚出姬矢准第一頭對付的異生獸——「地獄三頭犬」伽魯貝洛斯……
姬矢准悲傷的回憶和恐懼竟再次被喚起，陷於苦戰。且經過多番的戰鬥下，姬矢準的身體已破損不堪，加上其隨後被TLT捉拿進行實驗，身體情況更是雪上加霜……
此時黑暗梅菲斯特派出異生獸庫土拉引誘奈克瑟斯到臨終之地決戰。被奈克瑟斯多次救回的夜襲隊也終於對奈克瑟斯認同，更利用鉻金切斯特戰機的終極射線喚醒暈倒的奈克瑟斯……
奈克瑟斯與黑暗梅菲斯特終在火光中雙雙消失。在光芒之中孤門見到姬矢准，他便預言光會被某人繼承……
當異生獸再度出現的時候，新的奧特曼出現了……
姬矢准消失後，異生獸依然繼續出現，這時一個藍色的奈克
瑟斯站立於眾人眼前。戰鬥過後，孤門在附近一帶搜查時，發現一個可疑的少年，於是便跟蹤他。從傷勢上，孤門可以肯定這少年便是適能者。孤門道明來意後，與少年千樹憐成為了好友，並承諾會保守秘密……
TLT亦對千樹憐起了疑心，派出MP的野野宮瑞生跟蹤憐。不過瑞生不但跟蹤失敗，還與憐成為了朋友，甚至開始愛上了他……
在孤門和瑞生追查下，發現憐與一個名為「普羅米修斯之子計劃」有關。在說明者的說明下得知這是一個優質因子嬰兒的培育計劃，憐是從美國逃出來的……
在臨終之地之戰後失蹤的溝呂木真也再現於人前，但卻失去了記憶。他更與一個父母被他間接殺害的小女孩為伴……
後來溝呂木被TLT捉拿了，在囚室間他恢復了記憶，更得知自己只是黑幕的傀儡，溝呂木決心在死前與那女孩再見面，於是脅持瑞生離開。在同一時間，黑暗梅菲斯托特的力量已與MP的三澤廣之結合……
孤門和西條在追捕溝呂木真也時，三澤突然變身成黑暗梅菲斯特II攻擊眾人，幸好憐及時變身成奈克瑟斯阻止了黑暗梅菲斯特II，不過卻陷入苦戰……
恢復人性的溝呂木利用自己的意志和光再次變身成黑暗梅菲斯特，溝呂木捨命把黑暗梅菲斯特II固定，奈克瑟斯只好無奈把兩人一同消滅，溝呂木最終死在了西條的懷裡……
作為「普羅米修斯之子計劃」的失敗作，憐的身體日漸衰弱，但這次的異生獸卻有展開領域的能力，使奈克瑟斯不能展開「美塔領域」，迫於無奈在真實世界作戰。梅格福拉什及伽魯貝洛斯都被打敗後，「未知之手」只好利用過去所有異生獸合成強力異生獸依組麥魯，憐亦只好冒死出戰……
奈克瑟斯一直陷於苦戰，在危急關頭下，幸得預知者鼓勵，令奈克瑟斯再次站起來並打敗依組麥魯。事後憐已疲倦得倒下，幸好補完藥物「拉斐爾」及時完成，憐才得以續命……
憐之後，下一個適能者竟是西條副隊長，同時石堀隊員亦露出了真面目……
原來石堀隊員正是黑暗扎基，而殺死西條的父母、溝呂木變成黑暗梅菲斯特都是他一手安排，目的是令西條心中充滿仇恨。當西條變成奈克瑟斯時，立即被忘川侵蝕，黑暗扎基因此得到解放，而且因著西條心中充滿仇恨變得更強……
孤門奮不顧身地進入忘川救回西條，而光之紐帶亦於同時降臨到了孤門身上。孤門聯想起姬矢和憐的變身……
不過孤門仍不是扎基的對手，完全被對手牽制著。這時突然姬矢、憐出現於孤門的腦海中，奈克瑟斯立即變成了紅色成年形態反擊，之後孤門又變成了藍色成年形態戰鬥，就在那時，人群突然想起當年的新宿事件，他們都紛紛為奈克瑟斯打氣……
在人們的鼓勵下，孤門終於解放出「第一來訪者」的力量，變成了諾亞·奧特曼。諾亞以壓倒性的實力完虐扎基，更以閃電·諾亞把扎基消滅……
事後雖然異生獸仍繼續出現，但是TLT已把災害降至最低，並且放棄替目擊者洗腦的做法，每人都懷著希望為明天而戰……
NEXUS，那是被繼承著的光的紐帶……
而現在，時光來到了未來，距離當時的事件已經過去了二十年，那時候的適能者們現在都已經過上了平穩寧靜的生活，但是誰也沒有想到，扎基在爆炸前的火光中被某個人救走……
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(本章完)
