「可惡，怎麼.....一直是這樣麼，難不成我們的努力都白費了嗎？」柯南眉頭緊皺。雙手插著口袋，目光緊緊盯著顯示屏。
自從黑衣人那裡得到他們最新研發的產品APTX-3000天天埋頭實驗室，想找尋到身體變小的外因素。
「還是沒有結果嗎？看來得讓阿笠博士來幫忙了」灰原手捧著咖啡，悠然站在柯南身後。
柯南想了想。但他還是有所顧慮，若是找阿笠博士幫忙。就會知道他的計劃。「不行，不能告訴阿笠博士，但我需要用到它的最新基因實驗室。如果可以，你也可以變回原來，雪莉。」
「不，不要，我不要做回雪莉，我不想被組織的人抓到，但我可以幫你研製解藥，新一」灰原驚慌的捂著耳朵，不想將過去再回憶起來。
灰原與柯南決定偷用阿笠博士的實驗室。
柯南回到家中，看著沙發上側躺著喝著醉醺醺的毛利小五郎，微微一笑，走進了自己的房間。看了看表，等待著晚上的行動。「你回來了，柯南？」這一聲，嚇到正在沉思中的柯南，原來是小蘭推開了他的房門。「是你啊，小蘭姐，我剛回來，出去踢了會球。」「好的，那你一會記得來吃晚飯哦」小蘭看著手機里圓子發來的同學聚會照片，哼著小曲出了柯南的房間。柯南看著小蘭的背影，心裡說到：蘭，我馬上就會回來的，很快我就會來到你身邊。
夏日的晚風微微吹拂著，悶熱的天氣讓人一刻都不想離開吹著空調的房間。灰原哀已經到了柯南家的樓下，給柯南發了條短訊。柯南起身收拾好東西。走出房門，到客廳給小蘭姐和小五郎叔叔說「我出去一下小蘭姐，很快回來，晚飯你們先吃了」「這麼晚了去哪啊小鬼？」小五郎一個葛優癱，頭也不正問道柯南。「叔叔我就出去一下，你們吃完飯吧不用等我了。」說完就噔噔噔跑下樓。
灰原舔著雪糕，看著柯南匆忙的跑下樓，「帶的東西帶了嗎？」柯南氣喘吁吁的說到，「看你累的，下個樓梯至於這麼著急嗎？東西我都帶到了，我聯繫組織的一個同伴給我幫忙搞到了另一種基因藥物，目前她也準備脫離組織，我們可以用到。」「那我們就出發吧，希望阿笠博士不會過來。」柯南放下滑板，與灰原哀前往阿笠博士的最新基因實驗室。
然而阿笠博士早已經料到他們會拿到組織的最新藥品，已經在實驗室等著他們，作為組織的最大頭目，阿笠博士所做的一切都是在他的計劃中，他也會讓柯南重新變回新一，這樣組織就可以順利去找到工藤優作與工藤有希子二人，拿到他們最新的資料，來解決掉昔日的事情。
柯南與灰原到了實驗室後並沒有發現阿笠博士的車就停在門口，兩人悄悄潛入了實驗室，柯南用眼鏡掃描了一下，沒有發現活物移動鏡像，安穩的走到了大廳中央。大廳四面寬廣。中間放著一台基因重組機器。就在他們打量著這台機器的時候。四面燈光亮起，所有機器啟動，伴隨著一陣陣的腳步聲，柯南清楚的知道了阿笠博士在此等他。
「柯南，小哀，你們來此想做什麼呢」「。。。。。」「噢什麼都不需要說了，我都已經知道了，你們拿到了黑衣組織的最新藥品，想要用我的設備完成你們的測試對吧？放心吧柯南，我會幫你完成的，」柯南想著這博士是想做什麼呢？難道他與組織有關?或又是誰走漏風聲?他看看灰原，灰原默默的搖搖頭，她也不知道是什麼情況。「來柯南，把APTX-3000給我吧，現在開始研製解藥，我這裡也有研製的解藥，但沒來得及做實驗，這次就一起用上吧。」阿笠博士走到柯南跟前。「博士你為什麼想幫我們呢？」博士大笑道「不為什麼，你要知道，我一直都在做解藥試驗，如果新一你可以變回去，那麼我們就意味著解藥成功，意味著可以研發更多的解藥來對付組織的各種產品。」博士邊說邊啟動著機器，柯南想了想，給了博士藥品，至此只能一搏了，如果成功，他就可以回到父母跟前，可以回到小蘭身邊，總是跟個電話談戀愛，還談那麼久，放誰時間久了都會有點難受。他告訴博士「這次只能成功，不能失敗，而且不要跟以前一樣，只有一個時辰的藥效」「放心吧新一，這個解藥我已經做過分析了，他的改善基因效果非比尋常，跟之前接觸的藥品很不一般，新一，在注射這個藥物之前，你得有所心理準備，或許會吞噬你現在的基因組，弄不好，可能柯南這人也不存在了。」博士慎重的告訴新一。「沒事的博士，我很相信你的技術，至此我也決定了。」
柯南回頭看看灰原，靜靜的走上試驗台。
此時，毛利小五郎律師事務所里，小蘭焦急的等著柯南回家吃飯，」這個小鬼，不知道跑哪裡去玩了，小蘭，要不我們就吃吧？「小五郎有點等不住了。」爸爸，你總是這樣，他那么小，你也不知道關心關心。「小蘭回頭瞪了一眼小五郎，」要不我出去找找啊?「小蘭起身準備出門，「不不不，再等等吧，小蘭，那小鬼這麼晚不回來也不是一次兩次了，一會就會回來的，放心吧，快坐下，陪老爸看看電視。」小蘭坐在沙發上，低頭刷著微博，頭也不抬一下。
柯南靜靜的躺在實驗室上，想著如果成功，會不會給小蘭帶來危機，畢竟要是讓黑衣組織知道的新一還活著，而且回到了這裡，會不會對他和身邊的人展開追殺，他猶豫了一下，但還是決定了，這個實驗成功很重要。博士走到柯南身邊，說到「新一，藥品已經做好，現在要開始注射了，你考慮不好了吧？」
「考慮好了，博士，來吧。」柯南閉上眼睛。
「新一，我會一直呆在你身邊。」灰原走到跟前看著柯南。
「那我就要開始了。」博士說完，啟動儀器，藥物緩慢的流進了柯南的身體裡，此刻三人神經緊繃等待著結果的到來。
時間一點一點過去，伴隨著新一痛苦的嘶喊，忍痛握緊拳頭，實驗仍在繼續，灰原在一旁焦急的看著新一。沒多久，他停止了嘶喊，鬆開了拳頭，微微的吐著氣，頭扭到了一旁，想說話，但是開不了口。他感覺自己已經不行了，基因組重組，新的基因組吞噬著他。博士見此，趕緊注射了他新研製的藥品BRT7，告訴灰原「這次只能靠他自己了，能不能挺過來，看他了。」灰原上前默默的握著柯南的手，心裡默默說到:新一，你一定可以的。還有好多事，在等著你，你的父母，你最愛的小蘭。
新一隱隱約約睜開眼睛，他看到的不是博士與灰原，也不是實驗室的天花板，他看到了硫克，是的，他看到了硫克，硫克坐在他身邊啃著蘋果，低頭看著他。他不相信這一切竟然是真的，他居然看到了硫克，想著我這是死了嗎？還是我去了哪裡？我在做夢？
硫克開口了「新一，你就那個有名的高中偵探新一？沒想到你的性命卻由我來取了。真是一種可惜啊」新一聽到這話，驚恐的睜大雙眼，看著硫克。突然硫克跳了起來，也驚恐的看著新一，他看到了異次元之瞳，萬年不遇的異次元之瞳，可以顛覆時間的瞳孔。硫克不敢直視新一，對於他們死神，異次元之瞳是一種可觀不可取的東西，更不敢觸及。他不相信眼前這個將要死亡的人居然擁有異次元之瞳。對於他來說是神聖的，硫克決定救起新一，在給新一吃下一顆藥丸之後便離開了。
時間一點點流逝，小蘭也等不住了，起身出門尋找柯南。「電話也打不通，這柯南去哪裡了呢？」
實驗室里，博士與灰原靜靜的等著奇蹟發生，這時候，柯南身體劇烈抖動，衣物開始破裂，身體迅速成長，他們感覺看到了希望，新一要醒過來了。在他們上前的時候，新一睜眼了，散發一種無比刺眼的光芒，博士和灰原已經呆在原地，他們不知道發生了什麼，那一道道光束，使整個實驗室格外明亮。新一坐了一起來，眼睛也恢復了原樣，他看看博士與灰原哀，在低頭看看自己，握握拳頭，活動活動身體，高興的跳了起來，抱了抱博士肥胖的身體，低下身吻了吻灰原的額頭，喊道「成功了，博士我們成功了，我變回來了。」「新一見到你真的很開心，我們試驗成功了。」是的啊，成功了，祝賀你啊，新一「博士與灰原依次說到。
「博士，但我剛到我的眼睛，我的身體，有一種奇怪的力量，你知道這是什麼嗎？」新一邊活動身體一邊說道。
「目前我還不清楚，具體還需要我的研究，新一，你是不是該去換身衣服呢？小哀都不好意思了」阿笠博士忍不住笑出了聲。
「哎呦，真的好丟人，太開心了，忘記身上的衣服都破了，我這就去換上」新一吐吐舌頭。
新一換上國中生制服，摘掉眼鏡，走了出來。就如初見一般......
但是帶著異次元之瞳的新一，將強勢回歸。
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(本章完)
